设计一个跨境货运货代系统时，可以按照以下功能模块进行规划：

1. 用户管理模块
用户注册与登录
用户信息注册（如姓名、角色、联系方式等）。
用户登录（基于用户名、密码或第三方登录）。
用户资料管理
修改个人信息、头像、联系方式。
删除用户。
权限管理
根据角色（如客户、货代、物流公司）设置权限。
权限分配与权限撤销。

2. 货物信息管理模块
货物基本信息
添加货物信息（名称、描述、数量、重量、体积等）。
修改货物信息。
货物物流信息
添加运输方式、预计时间、运输公司。
查看历史物流记录。
货物库存管理
查看库存状态、库存量、出库记录。
添加/删除库存。

3. 订单管理模块
订单创建与编辑
创建订单（选择货物、填写地址、支付方式）。
编辑订单信息。
订单状态管理
状态设置（提交、处理、发货、到货、完成）。
状态提醒与操作。
订单支付处理
支付方式选择与支付状态记录。
支付流水查看。

4. 报关与申报模块
文件上传与申报
上传报关单、装箱单、结关单等文件。
自动生成申报表格。
申报状态管理
状态设置（提交、处理、审核、确认）。
查看申报结果。

5. 物流跟踪模块
物流信息查询
物流状态、位置信息查询。
提交物流信息。
物流费用计算
自动计算费用、支付处理。
支持预付费服务。

6. 仓储管理模块
仓库管理
添加/删除仓库。
货物调拨、出库操作。
库存管理
查看库存状态、库存量。
出库核对。

7. 支付与结算模块
支付方式管理
支付方式添加与选择。
支付状态记录。
预付费服务
支付记录查看。
支付状态管理。

8. 短信通知模块
通知功能
订单状态、物流信息通知。
系统通知设置。

9. 多语言支持模块
语言切换
支持多语言界面切换。
信息显示支持多语言。

10. 数据统计与报表模块
数据统计功能
查看历史订单、支付情况、库存数据。
报表生成
自动生成统计报表。

11. 安全与权限控制模块
数据安全
数据加密、访问控制。
数据备份与恢复。
权限管理
用户权限分配与撤销。

12. API集成与接口模块
API接口
与物流公司、支付平台、海关系统集成。
支持RESTful API或其他标准接口。

13. 测试与维护模块
测试功能
功能测试、性能测试、错误处理。
维护功能
系统日志管理、错误日志查询。

通过以上模块的设计，可以构建一个功能全面、用户友好的跨境货运货代系统，满足用户在货物运输、报关、支付、物流跟踪等各个环节的需求。