物流运输的管理通常涉及多个部门，具体取决于运输的类型、地区和国家。在国家层面，可能有专门的交通部或运输部来监管物流运输活动。这些部门可能负责制定运输政策、安全标准和规定。

在地区或城市层面，地方交通局或市政部门可能负责管理当地的物流运输，包括道路使用、交通信号和基础设施维护。

对于特定类型的运输，如海运和空运，可能有独立的海事局或民航局来管理。此外，环境保护部门可能参与监管，确保运输活动符合环保要求。

在企业层面，物流运输通常由公司的物流部门或供应链管理部门负责，这些部门负责协调货物的运输、存储和配送。

在国际贸易中，海关部门也扮演着重要角色，负责监管货物的进出口流程。

因此，物流运输的管理是一个多部门协作的过程，涉及从国家到地方各级政府部门，以及私营部门的多个方面。